Los estudios micológicos comenzaron en el Instituto de Ecología y Sistemática del CITMA (antiguo Instituto de Botánica de la ACC) en 1970. La misión actual de la División es el estudio de la diversidad fúngica en ecosistemas naturales y de reemplazo, tanto en Cuba como en el área del Caribe. Los estudios taxonómicos y de autoecología de las especies abarcan tanto grupos de hongos macroscópicos como microscópicos; entre los grupos que tradicionalmente se han abordado tenemos los hongos micorrizogenos, anamorfos, poliporaceos, agaricales, líquenes y más recientemente las levaduras. Además se han desarrollado tecnologías para el cultivo de hongos comestibles de los géneros Pleurotus, Lentinus, Volvariella y Cantharellus, así como el estudio de hongos patógenos de cultivos como la caña de azúcar. En los últimos años han hecho énfasis en el desarrollo de bases de datos, mapas electrónicos de distribución y claves computarizadas. Este grupo de trabajo es considerado posiblemente uno de los de mas aval en el país y también en el área del Caribe en lo que respecta a la taxonomía y ecología de los hongos (macromicetes y micromicetes).

En la actualidad la División cuenta con un herbario de 10 051 ejemplares de hongos imperfectos, 9 134 ejemplares de macromicetes y 4 000 ejemplares de ascomicetes liquenizados, para un total de 23 185 muestras herborizadas. También cuenta con una incipiente colección de cultivos puros de un poco mas de 500 cepas de hongos.